Ο Εμμανουήλ Γιακουμάκης είναι Καθηγητής στο Τμήμα Πληροφορικής του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών (ΟΠΑ) και Πρύτανης του Πανεπιστημίου 2015-2020.
Έχει διδάξει Τεχνολογία Λογισμικού, Γλώσσες προγραμματισμού καθώς και Ρύθμιση της αγοράς Ηλεκτρονικών επικοινωνιών, σε προπτυχιακό και μεταπτυχιακό επίπεδο. Το ερευνητικό του έργο εστιάζει σε θέματα: Τεχνολογίας Λογισμικού, Βιοϊατρικών εφαρμογών, Ρύθμισης και Ανταγωνισμού της αγοράς Ηλεκτρονικών Επικοινωνιών, Πολιτικές Επικοινωνιών.
Παράλληλα με την ακαδημαϊκή του σταδιοδρομία, έχει θητεύσει σε υψηλές διοικητικές θέσεις, όπως: Πρόεδρος της Εθνικής Επιτροπής Τηλεπικοινωνιών και Ταχυδρομείων (ΕΕΤΤ) (2000-2005), Γενικός Γραμματέας Επικοινωνιών του Υπουργείου Μεταφορών και Επικοινωνιών (1998-2000), Πρόεδρος και Διευθύνων Σύμβουλος της ΕΛΣΥΠ ΑΕ (1995-1997), Προϊστάμενος Τομέα Πληροφορικής της Ελληνικής Εταιρίας Τοπικής Ανάπτυξης και Αυτοδιοίκησης (ΕΕΤΑΑ) (1988-1990).